Une expérience d'immunofluorescence repose sur les principales étapes suivantes :
1. Des anticorps spécifiques se lient à la protéine d'intérêt.
2. Des colorants fluorescents sont couplés à ces complexes immuns afin de visualiser la protéine d'intérêt par microscopie.
On distingue l'immunofluorescence directe et indirecte. En immunofluorescence directe, l'anticorps primaire est directement couplé à un fluorophore (également appelé fluorochrome), permettant une manipulation aisée et une visualisation rapide. En immunofluorescence indirecte, un anticorps secondaire couplé à un fluorophore, qui se lie spécifiquement à l'anticorps primaire, est utilisé pour visualiser la structure d'intérêt.
Bien que la deuxième approche prenne plus de temps que l'immunofluorescence directe, elle présente plusieurs grands avantages, comme elle est généralement moins coûteuse, car l'anticorps secondaire peut être utilisé pour différents anticorps primaires. De plus, plusieurs protéines peuvent être spécifiquement visualisées en parallèle dans un seul échantillon (immunofluorescence multicolore) en combinant plusieurs anticorps primaires avec des anticorps secondaires spécifiques - chacun d'eux marqué avec un fluorophore différent.
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